沙眼的潛伏期約為五到十二天,通常侵犯雙眼,多發生于兒童少年時期。
癥狀主要是一般多為急性發病,病人有異物感,畏光,流淚,很多黏液或者黏液性分泌物,數周后急性癥狀消退進入慢性期,此時可以無任何不適,或僅感覺眼睛容易疲勞,如以此時治愈或自愈可不留瘢痕。但是在慢性病程中,于流行地區常有重復感染,病情加重,角膜上有活動性血管意識,刺激癥狀變為顯著,視力減退。
晚期常有后遺癥,例如瞼內翻,倒睫,角膜潰瘍以及眼球干燥等,癥狀更為明顯,并且嚴重的影響視力甚至失明。
急性沙眼呈現極性濾泡結膜炎癥狀,眼瞼紅腫,結膜高度充血,因乳頭增生瞼結膜粗糙不平,上下穹隆部結膜滿布濾泡,合并有彌漫性角膜上皮炎,以及耳前淋巴結腫大,數周后急性炎癥消退轉為慢性期。