神經(jīng)官能癥包含疾病內(nèi)容廣泛，其主要治療遵循原則是提高臨床治愈率，使臨床癥狀完全緩解，恢復(fù)社會功能，這是治療神經(jīng)官能癥的主要目標(biāo)。在臨床中關(guān)于治療的方法包括心理治療，藥物治療，心理治療臨床當(dāng)中主要以認(rèn)知行為治療，精神分析人際關(guān)系療法，人本主義療法等等作為首選的治療方案。
對于藥物治療的原則，要根據(jù)神經(jīng)官能癥的不同亞型和臨床特點(diǎn)選擇用藥，考慮到患者是否合并有軀體疾病、藥物相互作用，藥物耐受性以及有沒有并發(fā)癥，實(shí)施個(gè)體化的合理用藥，然后不主張兩種以上的藥物聯(lián)合應(yīng)用，做到足量足療程單一用藥。
臨床當(dāng)中對于焦慮癥的治療主要是以抗焦慮藥物為主或抗抑郁藥物，臨床當(dāng)中以苯二氮卓類藥物，五羥色胺在攝取抑制劑為主，對于恐懼癥仍然是以五羥色胺在攝取抑制劑類的抗抑郁藥為主，聯(lián)合可以應(yīng)用苯二氮卓類的抗焦慮藥物進(jìn)行系統(tǒng)治療，因此對于神經(jīng)官能癥的治療，首先需要分類，根據(jù)不同種類疾病進(jìn)行個(gè)體化系統(tǒng)治療，仍然講究足量足療程全病程的單一用藥治療方案。
