系統性紅斑狼瘡患者血液中有許多自身抗體,如抗細胞核抗體、抗細胞漿抗體、抗紅細胞抗體、抗血小板抗體、凝血因子抗體、抗其他組織抗體等。抗核抗體被應用最為廣泛和最重要。抗核抗體是抗細胞核內的物質的抗體,百分之95以上的系統性紅斑狼瘡患者會有抗核抗體。
抗核抗體陽性不一定是系統性紅斑狼瘡,因為其他自身免疫性結締組織病也可以出現抗核抗體。正常老年人和感染或藥物因素也可以使抗核抗體出現陽性。類風濕因子20%到30%的系統性紅斑狼瘡患者出現類風濕因子陽性。類風濕因子陽性不一定是類風濕性關節炎,抗磷脂抗體的存在可以造成動靜脈栓塞,也可以引起血小板減少而出血。其他自身抗體如抗細胞膜抗體、淋巴細胞抗體、抗神經元抗體等。