在早期表現病因隱匿,雷諾現象常為本病的首發癥狀,90%以上先于皮膚病變幾個月甚至二十多年,皮膚病變為本病標記性特點呈對稱性,一般先見于手指及面部,然后向軀干蔓延。典型皮膚病變一般經過三個時期即腫脹期、硬化期、萎縮期,60%至80%病例關節周圍肌腱筋膜皮膚纖維化可引起關節痛,約70%患者出現消化道異常,表現為食管下段功能失調,括約肌受損所致的吞咽食物后有發噎感以及飽餐后隨即躺下的燒心感,夜間胸骨后痛等。
肺部病變最早出現的癥狀為活動后氣短,咳嗽為晚期癥狀,最常見的肺部病變為肺間質纖維化導致肺功能下降,以致通氣障礙。心臟病變包括心肌、心包、心傳導系統病變,發生率各為15%左右,多與晚期患者與心肌纖維化有關。腎臟損害見于15%至20%患者,是系統性硬化病的主要死亡原因之一,提示預后不佳。其它常伴發干燥綜合征,膽汁性肝硬化,自身免疫性肝病,甲狀腺功能低下等。臨床根據皮膚受累情況可分為彌漫性、局限性、重疊性三種。