原發(fā)性膽汁性肝硬化典型病理表現(xiàn)為非化膿性膽管炎或肉芽腫性膽管炎，以小膽管破壞為主。肉眼可見肝臟腫大，呈墨綠色，表面平滑或呈細顆粒狀，隨疾病進展表面呈結(jié)節(jié)狀。肝臟病理改變可分為四期，各期表現(xiàn)可有交叉：
I期，膽小管炎期，主要表現(xiàn)為小葉間膽管或中隔膽管的慢性非化膿性炎癥，受損膽管上皮細胞皺縮出現(xiàn)空泡樣變，其周圍有淋巴細胞、漿細胞、組織細胞和少量嗜酸粒細胞浸潤，而使匯管區(qū)擴大，在匯管區(qū)內(nèi)可有淋巴濾泡形成。肝實質(zhì)無明顯受累，無膽汁淤積。
Ⅱ期，膽小管增生期，特點為小膽管不典型增生，肉芽腫形成，小葉間膽管消失，炎癥從匯管區(qū)侵入肝實質(zhì)，有碎屑樣壞死或稱界面性肝炎，可有淤膽現(xiàn)象，以匯管區(qū)周圍明顯。
Ⅲ期，纖維化期，表現(xiàn)為進展性纖維化和瘢痕，相鄰門靜脈之間出現(xiàn)纖維間隔，膽汁淤積更嚴重。
Ⅳ期，肝硬化期，肝細胞呈局灶性壞死，匯管區(qū)的纖維間隔延伸、相互連接，纖維組織向小葉內(nèi)伸展分割形成假小葉和大小不等的再生結(jié)節(jié)。
