類風濕關節炎的病因和發病機制包含環境因素、遺傳易感性以及免疫紊亂。免疫紊亂是類風濕關節炎主要的發病機制,活化的CD4+T細胞和MHC-II型陽性的抗原遞呈細胞浸潤關節滑膜。滑膜關節組織的某些特殊成分或體內產生的內源性物質也可能作為自身抗原被抗原呈遞細胞呈遞給活化的CD4+T細胞,啟動特異性免疫應答,導致相應的關節炎癥狀。在病程中的T細胞庫的不同T細胞克隆因受到體內外不同抗原的刺激而活化增殖,滑膜的巨噬細胞也因抗原而活化,使細胞因子如TNF-α、IL-1、IL-6、IL-8等增多,促使滑膜處于慢性炎癥狀態。
另外,B細胞激活分化為漿細胞,分泌大量免疫球蛋白。其中有多種自身抗體如類風濕因子、抗環瓜氨酸肽抗體等,免疫球蛋白和這些抗體形成的免疫復合物,經補體激活后可以誘發炎癥。所以類風濕關節炎是遺傳易感因素、環境因素以及免疫系統失調等各種因素綜合作用的結果。