小的肝囊腫而又無癥狀者,不需特殊處理;大而又出現癥狀者,應予適當治療。常用的方法有:在超聲引導下囊腫穿刺抽液術,但容易復發。囊腫“開窗術”或“去頂術”,即在剖腹術下或經腹腔鏡切除部分囊壁,吸凈囊液后使囊腔向腹腔開放。囊腫切除術則適用于肝邊緣部位、帶蒂突向腹腔的囊腫。
肝左外葉巨大肝囊腫,可做肝葉或肝部分切除術。對并發感染、囊內出血或囊液染有膽汁者,可在“開窗術”后放置引流或穿刺置管引流,待囊腔縮小和萎癟后拔除引流。
與膽管相溝通的厚壁囊腫,也可行囊腫空腸Y形吻合術,但此法常易引起繼發感染。多發性肝囊腫一般不主張手術治療,僅限于處理引起明顯癥狀的大囊腫。病變十分廣泛的多發性肝囊腫晚期病人,往往需要進行肝移植。