首先，脫水和電解質紊亂腹瀉時，機體不僅不能有效的從食物中吸收水分和電解質，而且還會以腸液的形式進一步丟失。所以腹瀉時如果不能及時有效的補充水分和電解質就會出現不同程度的脫水和電解質紊亂。其中電解質紊亂包括低鈉、低鉀、低鈣和低鎂，不僅不利于疾病的恢復，而且還會給孩子帶來不必要的痛苦，例如低鉀可以引起腹脹，低鈣可以引起手足抽搐。
二、病毒性心肌炎，發生在腸道病毒感染所致的腹瀉之后，使患兒的抵抗力進一步下降，就可以侵犯心臟引起病毒性心肌炎。并發此病的患兒會有胸悶、胸痛、心悸、頭暈、乏力等癥狀，這種患兒會因為嚴重的心律失常導致心力衰竭、心源性休克，甚至危及生命。
三、腸套疊，小兒常見的急腹癥之一，多見于四到十個月的嬰兒，隨著年齡的增長發病率逐漸降低。大多數嬰兒腸套疊是原發性的，只有2%到8%的病例為繼發性，由于腸蠕動失去正常節律性，腸緩肌發生持續性局部痙攣，腸近端劇烈蠕動，將痙攣的腸段推入遠端腸腔內，腹瀉和伴隨病毒感染是引起腸套疊的主要原因。
四、營養不良，多發生在遷延性腹瀉和慢性腹瀉之后，營養不良會使患兒的抵抗力進一步下降，繼發各種感染，如鵝口瘡、支氣管肺炎、結核病、中耳炎、尿路感染等，而且腹瀉遷延不愈，還會加重營養不良，造成惡性循環。
