慢性胃炎的病理組織學改變，通常采用慢性炎癥活動性萎縮、腸化和hb5各指標分析。又分別以無、輕度、中度、重度或零、一個加號、兩個加號、三個加號、四個加號來說明程度。慢性炎癥以漿細胞、淋巴細胞為主的炎性細胞浸潤為特征。偶有嗜酸性細胞。而當在慢性炎癥背景上，出現中性粒細胞浸潤，則是在活動性炎癥的表現。萎縮具體是指胃的固有腺體減少。
根據具體的腺體，幽門腺萎縮是指幽門腺減少，或由腸化腺體替代胃底或胃體。胃體腺萎縮則是指胃底或胃體腺假幽門腺化生。腸上皮化生或者是腺體本身減少。是否有萎縮是區分非萎縮性和萎縮性胃炎的依據。假幽門腺化生是指在胃底黏膜內，出現幽門腺結構是胃底腺萎縮的標志。需要根據活檢部位才能做出判斷，可見于慢性胃炎病人或生理功能退化的老年人。
腸上皮化生簡稱腸化，是指胃黏膜內出現了腸形上皮，可分為四型。
一型為小腸型完全腸化，占腸化的多數。
二型為小腸型不完全腸化。
三型為大腸型完全腸化。
四型為大腸型不完全腸化，異型增生又稱為不典型增生，是腺管及表面上皮在增生中，偏離正常分化所產生的形態和功能異常。可發生在胃小凹上皮和腸化處。它本身上不是癌，但可能惡變或長期保持原狀甚至自然的在某些藥物作用下退變恢復。重度異型增生可能需要做胃鏡下治療或者是手術治療。
