導致自然流產的原因有很多，主要有以下幾個方面，
一，遺傳經缺陷，早期在流產時染色體異常的胚胎占50%到60%，多為染色體數目異常，其次為染色體結構異常。
二，環境因素，影響生殖功能的外界不良因素有很多，可以直接或間接對胚胎或胎兒造成損害。
三，母體的因素，母體的因素又分為以下四個方面，
1，全身性疾病，妊娠期患急性病，高熱，可引起子宮收縮而致流產。細菌毒素和病毒通過胎盤進入胎兒血液循環使胎兒死亡而發生流產，此外孕婦患嚴重貧血或心力衰竭，可致胎兒缺氧也可能引起流產。
2，生殖器官的疾病，孕婦因子宮畸形、盆腔腫瘤均可影響胎兒的生長發育而導致流產。
3，內分泌失調，黃體功能不足往往影響蛻膜，胎盤而發生流產。
4，創傷，妊娠期特別是妊娠早期實行腹部手術或妊娠中期外傷可刺激子宮收縮引起流產。
四，胎盤內分泌功能不足，妊娠早期時卵巢的妊娠黃體分泌孕激素外，胎盤滋養細胞亦逐漸產生孕激素，妊娠八周后胎盤逐漸成為產生孕激素的主要場所。除孕激素外，胎盤還合成其它激素，如β-人絨毛膜促性腺激素，胎盤生乳素及雌激素等，早孕時，上述激素值下降，妊娠將難以繼續而導致流產。
五，免疫方面的因素，妊娠猶如同體同種異體移植，胎盤與母體間存在復雜而特殊的免疫學關系，這種關系使胚胎不被排斥。如果母兒雙方免疫不適應，則可引起母體對胎盤的排斥而導致流產，有關免疫因素主要有復方的組織相容性抗原、胎兒特異抗原、血型抗原、母體細胞免疫調節失調，孕期母體封閉抗體不足及母體康復方淋巴細胞的細胞毒抗體不足等等。
