進行性系統性硬皮病會出現后遺癥的。尤其是合并內臟損傷的患者,比如出現胃腸道受累的患者,會導致食管或者胃,十二指腸,空腸,結腸受累,出現反流性食管炎以及全胃腸的動力減慢,蠕動緩慢,然后出現腸內容物淤滯,出現吸收不良綜合征。
而如果患者是肺臟受累,可以出現肺間質纖維化,導致肺功能下降,出現通氣障礙。另外也可能會合并嚴重的肺動脈高壓,最終進展為右心衰竭。另外還有一部分患者會出現腎臟損傷,最終出現蛋白尿,高血壓以及腎功能下降。甚至有些患者會進展為硬皮病腎危象,表現為急進性的惡性高血壓或者急性腎功能衰竭,危及生命。