病毒腦炎的早期診斷和治療都是降低病毒腦炎死亡率的關鍵,以抗病毒治療為主,輔以免疫治療和對癥支持治療。抗病毒治療主要包括阿昔洛韋,更昔洛韋之類的一些抗病毒藥物來抑制病毒DNA的合成。免疫治療包括干擾素轉移因子,具有一些廣譜的抗病毒活性,而對于腦部的宿主細胞損害極小。此外,還要應用腎上腺皮質激素,腎上腺皮質激素治療病毒性腦炎,目前還有一些爭議,但是對于控制病毒性腦炎的炎癥反應和減輕水腫,對于病情比較危重的狀況下,可以酌情使用。
對于病毒性腦炎,重癥甚至有昏迷的患者,要對癥支持治療,包括維持營養和水電解質平衡,以及保持呼吸道的通暢,可以小量的給予靜脈的高營養,以及物理降溫,抗驚厥等治療。