第一,睡眠衛生不良的鑒別,睡眠衛生不良直接導致失眠,糾正了不良的睡眠習慣以后,失眠就可以緩解。而心理生理性失眠和觸發因素無關的失眠,比方說在改變不良睡眠習慣并且保持良好的睡眠衛生以后,患者的睡眠仍然很差。
第二,情感障礙的鑒別,生理性失眠和抑郁癥相區別的基礎就在于抑郁癥患者可存在其他的自主神經癥狀,比如說食欲減退、明顯的晝夜情感節率的波動,早晨感覺最差和消化道不適,典型的便秘等等。也可以考慮到容易導致抑郁癥的一些近期的生活事件,臨床上可以看到抑郁癥的很多的生物學的指標,
第三,廣泛性焦慮障礙的鑒別,患者在這個覺醒狀態下可以見到焦慮癥狀,社會適應能力明顯的受損,而這個心理生理性的失眠患者的核心癥狀表現就是失眠,相關的一些臨床癥狀就是一些持續覺醒狀態的后果。