十二指腸潰瘍的治療包括根除幽門螺旋桿菌的治療和抗潰瘍的治療。因為幽門螺旋桿菌是導致消化性潰瘍的最主要因素。根除幽門螺旋桿菌的治療方案包括常用的抗生素、克拉霉素、阿莫西林、甲硝唑、四環素,以及質子泵抑制劑。并且要注意規律的服藥,同時要養成良好的生活習慣,合理的飲食,避免暴飲暴食,避免飲酒吸煙以及過度勞累。
定期的復查碳呼氣實驗,治療是綜合治療中的不可缺少的重要措施。盡管胃潰瘍和十二指腸潰瘍發生的部位和癥狀不盡相同,但是飲食治療的原則是相同的,即通過限制飲食中機械、化學和溫熱刺激,以減低植物神經不穩定性。同時通過合理的營養調節與飲食烹調,中和抑制胃酸的分泌。這樣的話可以減輕腸胃的負擔,保護胃、十二指腸功能,以達到促進潰瘍愈合,防止復發和并發癥的目的。