首次發生的急性腎盂腎炎的致病菌80%為大腸埃希菌,在留取尿細菌檢查標本以后,應立即開始治療,首選對格蘭陰性桿菌有效的藥物,72小時顯效者,無需換藥,否則按藥敏結果更改抗生素,若病情較輕者可在門診口服藥物治療,療程10~14天,常用的藥物有氧氟沙星、阿莫西林、頭孢呋辛。
如果對于嚴重感染,全身中毒癥狀明顯者,需要住院治療,應靜脈給藥,常用的藥物有阿莫西林、頭孢噻呋鈉、頭孢曲松鈉、左氧氟沙星,必要是聯合用藥氨基糖甙類抗生素,腎毒性較大應慎用,經過上述治療若好轉,可于熱退后繼續用藥三天,再改為口服抗生素,完成2周療程,慢性腎盂腎炎治療急性發作時,同急性腎盂腎炎。