新型隱球菌為條件致病菌,它呈圓形或卵圓形,外殼是由細胞壁和莢膜組成的被膜,廣泛分布于自然界,如水果、奶類和土壤等,為條件致病菌,當宿主免疫力低下的時候,可以致病。鴿子和其他鳥類可為中間宿主,鴿子飼養者新型隱球菌感染的發病率要比一般人群高出幾倍,長期大量應用廣譜抗生素、免疫抑制藥、抗癌藥物、接受器官移植術以及白血病、AIDS、淋巴肉瘤、系統性紅斑狼瘡、結核病、糖尿病等患者成為該病的主要易感人群。
新型隱球菌多由呼吸道吸入,另有三分之一的患者經皮膚黏膜、消化道感染。侵入人體的新型隱球菌是否致病,于機體的免疫力功能密切相關,人類感染新型隱球菌主要累及肺部和中樞神經系統,機體抵抗力或者是免疫力降低時,新型隱球菌侵入后隨血行播散,經血腦屏障被破壞而引起腦膜炎癥。因此,新型隱球菌性腦膜炎的病因為當人體免疫力和抵抗力下降時,新型隱球菌即可侵犯入血,隨血型播散至腦部,形成腦膜炎。