二者是兩種不同的疾病，腎小球腎炎的發病機制，主要為免疫介導的炎癥反應，而腎盂腎炎為病原微生物感染所致，主要為革蘭陰性桿菌感染所引起的感染性疾病。
在臨床表現方面，腎小球腎炎基本的臨床表現為血尿、蛋白尿、水腫、高血壓，急性的腎小球腎炎一般預后良好，能夠完全治愈，但也有少數的患者，轉為慢性腎小球腎炎，慢性腎小球腎炎的臨床表現比較多樣，早期患者可以沒有任何癥狀，也可有乏力疲倦、腰部疼痛、納差、水腫可有可無，一般不嚴重，血壓正?；蛘呤禽p度升高，腎功能正?；蛘咻p度受損，這種情況，可以持續數年甚至數十年，腎功能逐漸惡化，并出現相應的臨床表現，比如貧血、血壓增高等，最終發展為慢性腎衰竭。
腎盂腎炎包括急性和慢性，急性腎盂腎炎主要的臨床表現為發熱、寒顫、頭痛、全身酸痛、惡心、嘔吐等，體溫多在38度以上，尿頻、尿急、尿痛、排尿困難、下腹疼痛、腰痛等，尿液檢查尿中白細胞細菌數升高、尿細菌學檢查為陽性。
慢性腎盂腎炎的臨床表現比較復雜，半數以上的患者有急性腎盂腎炎的病史，之后出現程度不同的低熱，間歇性的尿頻，排尿不適，腰部酸痛以及腎小管功能受損的表現，比如夜尿增多、低比重尿等，病情持續可以發展為慢性腎衰竭。
