韋格納肉芽腫性血管炎的癥狀,包括一些全身癥狀,如發熱、乏力、食欲下降、體重下降、關節痛等。另外,也可出現一些皮膚粘膜的損傷可表現為紫癜、多形紅斑、斑疹、丘疹、皮下結節等。眼部受累出現眼球突出、視神經及眼肌損傷、結膜炎、鞏膜炎、虹膜炎、視力障礙等。也會出現多發性神經炎、心肌炎及胃腸道病變。
此外,典型的韋格納肉芽腫三聯征是指上呼吸道、肺及腎臟病變,上呼吸道受累癥狀會出現鼻竇炎、鼻竇疼痛、鼻粘膜潰瘍、鼻出血、鼻骨破壞、出現鞍鼻等。肺部受累會導致咳嗽、咯血、胸悶、氣短。腎臟幾乎見于所有病人,嚴重時會伴有高血壓和腎病綜合征,最終導致腎功能衰竭,是本病的重要死因之一。