高熱抽搐,呼吸衰竭,是流行乙型腦炎急性期非常嚴重的癥狀。尤其呼吸衰竭,常常是導致死亡的最重要的原因。患者會有不同程度的腦膜刺激征,像頸強直,以及其他的一些刺激征癥狀,嚴重的患者會有顱內壓的增高,而造成劇烈的頭痛,嘔吐,血壓升高,脈搏減慢等。進一步的話,就有可能并發高熱的狀況而出現抽搐的問題,使得腦實質損傷進一步加重。
患者表現的劇烈頭痛,嘔吐會加重意識障礙的問題,部分的患者出現呼吸循環衰竭,而導致血壓下降,心肌損壞,心功能不全,呼吸微弱等現象,累積到腦干延髓部位還會出現球麻痹的癥狀,而危急到生命中樞,使得呼吸衰竭的狀況進一步加重。錐體束征以及腦部的積極和受損,會在急性期就出現肢體癱瘓,不自主運動,吞咽困難等現象,這樣的話會使得患者的生命體征更加的微弱。自主神經的受累,也會加重,這種呼吸衰竭的問題。