睡眠呼吸暫停綜合征其涉及的器官和疾病較廣泛、并發癥較多。首先是心血管系統,容易導致患者出現心律失常,誘發患者出現高血壓,且使其原有的血壓難以控制,部分患者還可以出現冠心病、心力衰竭。有時因嚴重的冠心病、心律失常誘發患者出現夜間猝死。
另外對呼吸系統主要是導致肺動脈高壓、肺心病,因嚴重的低氧血癥常可誘發患者出現不同程度的呼吸衰竭,可以為Ⅰ型或Ⅱ型呼吸衰竭,患者還可以出現夜間哮喘的臨床癥狀。對于神經系統影響,則有腦血管疾病的增加,例如腦梗塞、腦出血等發病率明顯增多,患者還可有認知功能障礙、記憶力減退。對內分泌系統的影響主要有糖尿病以及性功能的障礙。腎臟的影響可以出現蛋白尿、腎病綜合征和腎功能異常等。