巧克力囊腫是一種子宮內膜異位癥,異位的子宮內膜種植在卵巢部分,內膜侵犯卵巢皮質并在其內生長,隨著月經周期反復的周期性出血,會形成單個或多個的囊腫型的典型病變,就稱為巧克力囊腫,一般情況下囊腫的大小不一,直徑大多在5厘米左右,由于隨著月經期反復的少量出血,形成了褐色糊狀陳舊性的血性液體,似巧克力樣,所以稱為巧克力囊腫。
囊腫在月經期的時候出血會逐漸增多,腔內壓力變大,特別是接近卵巢表面的囊壁容易反復破裂,破裂后囊內容物可能會刺激局部的鞏膜發生局部的炎性反應和組織纖維化,所以巧克力囊腫容易與鄰近的子宮、韌帶、盆壁等發生黏連,導致囊腫固定在盆腔里,活動度一般都不太好。