反流性食管炎很容易和急性胃炎、胃潰瘍、胃癌及食管癌相混淆。反流性食管炎是由于胃內容物反流入食道而引起的以燒心、反酸、腹痛、腹部不適為主要癥狀的一類疾病。急性胃炎時由于胃黏膜多發充血、水腫、糜爛,受到食物刺激時就會引起胃腸道蠕動增快,引起平滑肌痙攣,導致胃痛,同時胃蠕動增快,引起食物反流,有時也會伴有燒心,噯氣等,與反流性食管炎容易混淆。
消化性潰瘍時,由于潰瘍存在,患者進食后往往出現腹痛等癥狀,與反流性食管炎類似,還有就是當有食管癌和胃癌等消化道腫瘤時,早期癥狀往往是早飽、腹脹不適等,與反流性食管炎很相似,容易誤診。