主要與以下疾病相鑒別:
第一,胎糞便秘,是由于胎糞濃縮稠厚導致排出困難,但是經過灌腸后,可正常排便,而且不會復發。
第二,先天性腸閉鎖,這種患兒即使用鹽水灌腸,仍然不能排便。
第三,新生兒壞死性小腸結腸炎,本病多為早產兒,而且多有窒息、缺氧、感染、休克的病史,而且有解血便。
第四,繼發性巨結腸,主要繼發于先天性肛門狹窄手術之后導致的疤痕黏連,或者是直腸外腫瘤壓迫,導致排便不通暢。
第五,特發性巨結腸,主要與排便訓練不恰當有關系。
第六,功能性便秘,是一種原因不明的慢性便秘,表現為排便次數少,排便費力,糞便比較硬,或者是呈球狀,排便排不干凈的感覺。