胎停的原因主要包括子宮畸形,米勒管先天發育異常,導致子宮畸形,如單角子宮、雙角子宮、雙子宮、子宮縱膈。子宮畸形可影響子宮血供和宮腔內環境,從而導致胚胎停止發育。
其他子宮本身的疾病引起的宮腔形態改變,如子宮腫瘤、宮腔息肉等;感染,任何能夠造成菌血癥和病毒血癥的嚴重感染,均可導致胚胎停止發育。生殖道各種病原體感染以及巨細胞病毒,弓形蟲病毒,細菌感染,沙眼衣原體,支原體感染都可能影響胎盤,累及胎兒,引起心血管系統和神經系統的畸形,致死或者是流產。妊娠早期單純皰疹,風疹病毒感染,血栓前的狀態也可以引起胚胎停育。