首先不同的胃腸道間質腫瘤他的清晰性確實不同,而且根據腫瘤的部位大小和分裂相以及腫瘤的術中是否完整切除,腫瘤的組織學類型、免疫組化類型和增生抗原表達、增生倍數、性別年齡、突變類型以及腫瘤的預后都是十分相關的。所以它的形態學和預后關系密切是腫瘤的生物學行為和腫瘤的最大直徑可有絲分裂比率,評估預后的時候應該綜合以上這些因素來進行評估的。
另外還有一些基因的變化,可以應用靶向藥物來口服治療,綜合來說基因診斷以及分子生物學的一個進展,使胃腸道間質腫瘤的診斷取得了很大的進展,手術切除仍然是一個首選方法,術后可以這個口服舒尼替尼改善患者預后。