梗阻性腎病的腎臟病理特點是以炎癥、腎小管萎縮和腎間質行為化為主要的特征,肉眼可見腎臟的表面是不平整的,有的出現水腫、蒼白、腎盂積水、腎盂擴張、穹窿部的乳頭、扁平、腎臟的皮質是變薄的,在腎病梗阻初期可以出現腎小管系統擴張,尤其是以集合管遠端小管最為顯著,而且上臂細胞扁平、腎小管缺血萎縮、集合單位減少、腎髓質破壞,并且有單核細胞浸潤。
早期腎小球的變化比較小,但是隨著腎病梗阻的進一步加重,腎積水形成腎小管擴張。腎小球也會出現變性,最終出現腎小球硬化、腎萎縮,在梗阻性腎病后期腎間質呈細微細胞增生和單核細胞浸潤。