復雜性肛瘺的形成原因其實和普通型肛瘺的形成原因基本上相似,當然復雜性肛瘺的形成原因也有自己的特點。比如說多數是直腸肛管周邊的膿腫形成,而且位置比較高,另外引流也并不是特別的通暢。
另外還有一種可能就是復雜性肛瘺也是由于單純性肛瘺轉化而來,因為早期肛瘺沒有重視或者沒有治療,或者說是治療方法不恰當,時間長了就會慢慢形成復雜性肛瘺。
除此之外,一些少見的疾病也可能會引起復雜性肛瘺,比如說結核性腸炎,潰瘍性腸炎,還有克羅恩病。
另外在機體抵抗力極其下降的情況下,比如說高血糖,艾滋病,肛周膿腫如果沒有控制好,引起膿腫的擴散,很大幾率會形成復雜性肛瘺。